W dniach 02 - 06 sierpnia 2004 roku w Miejskich Wodociągach i Oczyszczalni Spółka z o.o., jako Jednostce Realizującej Projekt ISPA, przeprowadzono kontrolę przedrealizacyjną. Oceny stanu przygotowania MWiO sp. z o.o. dokonali przedstawiciele Departamentu Kontroli Terenowej Narodowego Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej: Mieczysław Borowski oraz Wiesław Mazurkiewicz. Spółka jako Beneficjent Końcowy Funduszu ISPA uzyskała ocenę zadowalającą - najwyższą z możliwych.
Kontrola realizacyjna nr 2
W dniach 13 - 15.11.2006r. przeprowadzono drugą kontrolę realizacyjną prowadzonego przez Spółkę Miejskie Wodociągi i Oczyszczalnia Projektu pn.: "Oczyszczanie ścieków w Grudziądzu". Kontroli dokonał Ekspert Departamentu Kontroli Narodowego Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej - Mieczysław Borowski. Przedmiotem kontroli była ocena stanu zaawansowania finansowego i rzeczowego Projektu oraz podejmowanych przez MWiO sp. z o.o. działań promocyjnych i upowszechniających. W wyniku przeprowadzonej kontroli nie stwierdzono żadnych nieprawidłowości.
W dniach 09.01.2008 - 03.03.2008r. została przeprowadzona w Spółce, przez upoważnionych przedstawicieli Urzędu Kontroli Skarbowej z siedzibą w Bydgoszczy, kontrola w zakresie celowości i zgodności z prawem gospodarowania środkami publicznymi oraz środkami pochodzącymi z Funduszu Spójności w ramach realizowanego przez Spółkę Projektu pn.: "Oczyszczanie ścieków w Grudziądzu". Kontrola została zakończona w dniu 3 marca 2008 roku protokołem kontroli.
Dnia 11 kwietnia 2008r. Spółka otrzymała Wynik Kontroli, w którym nie stwierdzono żadnych nieprawidłowości w zakresie objętym kontrolą.
W dniach 25 - 29.08.2008r. przeprowadzono trzecią kontrolę realizacyjną prowadzonego przez Spółkę Miejskie Wodociągi i Oczyszczalnia Projektu pn.: "Oczyszczanie ścieków w Grudziądzu". Kontroli dokonali eksperci Departamentu Kontroli Narodowego Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej. Przedmiotem kontroli była ocena stanu zaawansowania finansowego i rzeczowego Projektu oraz podejmowanych przez MWiO sp. z o.o. działań promocyjnych i upowszechniających. W wyniku przeprowadzonej kontroli nie stwierdzono żadnych nieprawidłowości.